据路透社报道，应巴西最高法院的要求，巴西联邦警察12日已经正式对博索纳罗以涉嫌违规购买印度疫苗为由展开调查 。博索纳罗被控在今年2月与巴西疫苗生产商巴特拉生物技术有限公司的中介机构签署了一份价值16亿雷亚尔（约合人民币20亿元）的2000万剂疫苗合同，而这一合同涉嫌内容违规。此前，巴西参议院已成立专门委员会来调查此事，该委员会援引合同中有关过高定价的条目，指控博索纳罗有腐败嫌疑。 

参议院称，博纳索罗在接到警告后并没有立即对此展开调查，而有违规行为的合同被曝光后，联邦政府却很快终止了合同，政府的公信力也因此再次受到影响。巴西联邦检察官和联邦审计署（CGU）也在分别调查交易中涉及到的违规行为。截至目前，博索纳罗否认了对他的指控。 

6月19日，巴西累计报告的新冠肺炎病亡人数超过50万，上千民众走上街头抗议，指责博索纳罗政府企图淡化疫情影响，且未及时推出抗疫措施，在疫情初期放弃购买疫苗，导致疫情恶化。多项民意调查显示，目前巴西民众对博索纳罗政府的反对率已经超过50%，许多民众认为政府的表现“很糟糕”，部分巴西右翼媒体也称，总统“应该下台”。